Analsex medför, liksom vaginal- och oralsex, risken för smittspridning av sexuellt överförbara sjukdomar. Risken att smittas av HIV är avsevärt högre vid anal penetrering än vid vaginal sex. För den mottagande parten bedöms risken för att smittas av HIV vara tio gånger högre vid analsex, än vid vaginal sex. Det är därför mycket viktigt att man alltid skyddar sig med kondom vid tillfälliga sexuella kontakter.
Bakteriefloran i ändtarmen skiljer sig även från den i vaginan. Om bakterier från ändtarmen kommer in i slidan så innebär det en risk för infektion i livmoderhalsen, livmodern, äggledarna samt urinröret och urinblåsan. Man bör därför aldrig föra in penis (eller objekt) som tidigare varit i anus i vaginan. Vill man ha vaginalt samlag efter det att man har haft analsex så bör man byta kondom eller tvätta penis noga.
Skador vid frivilliga anala samlag är mycket ovanliga. Detta oavsett hur ofta man har anala samlag. Om man inte tar det försiktigt och använder rikligt med glidmedel så kan dock övergående blödningar uppstå. Slemhinnan i anus kan bli irriterad och det kan göra analsamlaget obehagligt. Läkningsförmågan är dock utomordentligt god och permanenta skador är därför mycket sällsynta. Man bör ändå avbryta ett analt samlag i det fall att ena parten upplever det som obehagligt eller smärtsamt.